NGS 服务

我们可以提供符合GMP的二代测序服务(NGS),也称为高通量测序 (HTS)。NGS 可用于多种应用,包括病原体安全性检测和细胞系遗传表征,质粒和载体鉴别,整合位点分析等。

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符合GMP的NGS解决方案

ICH Q5A (R2)(2023 年11 月采用)是生物制品生产中所用细胞库病毒安全性评价的关键监管指导文件。该指南现特别引用二代测序(NGS)作为先进的病毒检测工具,也是替代动物模型病毒检测并符合动物伦理的方法。“NGS可替代体内试验进行广谱的病毒检测,用于检测未知或非预期的病毒种类。NGS也可以补充或替代体外细胞培养试验,用于检测已知、未知或非预期的病毒种类。此外,该检测法还可用于检测已知病毒,并替代HAP、MAP和RAP试验以及其他病毒特异性PCR检测法。” Charles River通过与 PathoQuest 的合作,我们扩展了综合服务组合,包括为制药和生物技术公司提供下一代测序 (NGS) 服务。这些服务包括NGS法外源病毒检测及特异性病毒检测、病毒载体和质粒鉴别及整合位点分析(ISA)等。

Charles River NGS优势

  • 丰富的监管知识和符合法规要求的实验室,GLP&GMP认证实验室
  • 监管机构许可(ANSM 评审详情查询网址:https://pathoquest.com/ngs-ansm)
  • 有效进行生物制品安全性检测和QC检测
  • 高度一体化且灵活的NGS解决方案,可检测原材料,MCB,WCB,病毒种子库,DS,DP等,加速药品上市进程
  • 专有病毒数据库及资深病毒学和生物信息学专家
  • 与体内外源病毒分析进行了头对头比较(结果已发布)
  • 证明了HAP/MAP/RAP 病毒的特异性检测
  • 生物制品主文件在FDA/CBER 存档

NGS在生物制品检测中的应用

病毒安全

外源病毒可能会污染生物制药的生产系统,如不被发现,会对终产品造成风险。NGS检测是一种不需要靶向引物来寻找病毒污染的技术,它能够同时“扫描”数百万个RNA/DNA序列,在识别出感兴趣的序列后,利用生物信息学分析,确定与已知病毒的匹配,并有可能识别出新的未知病毒。我们利用宏基因组学的方法,为病原体的鉴定提供了一种更为灵敏和全面的方法,该方法允许从生产样品中鉴定病原体,如:

  • 疫苗和病毒原液
  • 真核细胞库
  • 原核细胞库
  • API和原材料
  • 研究用材料
遗传稳定性检测/细胞系检定

PathoQuest在微生物学和病毒学方面的专业知识与Illumina先进的NGS测序平台相结合,使我们成为研究细胞系和病毒库的独特解决方案供应商,NGS可用于细胞系/株鉴别和/或纯度(单克隆性)评估。 我们提供 Nanopore MinIon, MiSeq或 NextSeq的测序服务,包括STR(短串联重复序列)分析(DNA指纹图谱)、插入或靶向序列比较。对于全基因组测序,我们提供MiSeq或NextSeq系统服务,并在快速周转时间内实现从头组装或与参考序列比对。NGS让您不必进行多个实验,一次运行即可获得多重结果。

NGS细胞系/株检定服务包括:

  • 用于生产工艺(如疫苗)的新细胞系的表征
  • 全基因组测序
  • 细胞鉴别(STR分析)
  • 克隆性测试
  • 遗传漂变研究
  • 细胞重组
降低药物开发管线的风险

从研发阶段到上市产品批次放行,下一代测序 (NGS) 宏基因组方法还能检测生物制品开发过程使用的各种生物培养基/介质和其他成分,包括对污染情况的调查。在病毒安全检测方案中纳入原材料检测,可以降低在生产过程后期出现污染物的风险。

NGS可替代体内法外源病毒检测

通过与体内动物接种法头对头实验比较,证明RNAseq转录组测序可以取代应用于细胞库的体内测试,同时提供了更好的安全保证。

 

  • NGS转录组分析在10e3至10e7个无病毒细胞的背景中检测到1个感染细胞
  • 对于体内法检测高灵敏度(A类)病毒,NGS的检测效率很高,可确保高检测灵敏度
  • 对于体内法检测低灵敏度(B类)或体内法未检测到的(C类)病毒,NGS显示出比体内更好的分析灵敏度和检测范围,因此确保了更好的检测灵敏度

NGS可替代MAP/HAP/RAP检测

Charles River Laboratories 和PathoQuest 合作,成功进行了一项研究,证明iDTECT® 转录组分析可检测所有MAP/HAP/RAP 的目标病毒以及可能的病毒变体。

我们可以向客户提供这项加标研究的数据,以证明iDTECT®转录组测序替代两类动物分析方法的合理性。 研究数据证明,其经GMP 验证的NGS iDTECT® 转录组分析在啮齿类动物细胞系表征方面优于MAP/HAP/RAP。该分析利用NGS 的能力来筛选细胞系中任何复制的病毒污染物,并可替代两种强制性动物试验:体内法(in vivo)外源病毒检测和MAP/HAP/RAP 检测。NGS在质粒和病毒载体鉴别方面也有其独特的优势。

  • 更快:无需等待动物试验结果,将细胞库放行时间至少提前4 周,从而加快生产时间线
  • 更安全:无需预先已知序列- 对已知病毒、未知病毒和变体进行广泛的病毒检测
  • 无动物:一种符合伦理、不使用动物的替代方法,符合减少、优化、替代(3R)原则
  • 更稳健:重复率低,必要时可在3 周内重复
  • 高效:可替代体内(in vivo)外源病毒检测和MAP/HAP/RAP
  • 监管机构许可(ANSM 评审详情查询网址:https://pathoquest.com/ngs-ansm)
  • 经GMP 验证

NGS在病毒载体和质粒鉴别中的应用

根据监管规定,企业应提供制剂鉴别结果。对于含有遗传物质的病毒载体的鉴别测试,应对其进行核酸测序。另外,质粒原材料应与成品一样,采用NGS技术进行鉴别,以保证生产质量。NGS技术的处理量更多、规模更大、速度更快,相比传统的Sanger测序法有非常大的进步。具体而言,NGS技术能进一步提供有关产品中遗传变异的信息,尤其是罕见或极罕见的突变。

NGS技术相较于Sanger测序的优点

  • 省时:若样本没有提前进行测序验证,Sanger测序将花费大量的时间。
  • 成本低:对AAV或慢病毒基因组进行完整测序可能需要10至30次Sanger测序反应。并行多次Sanger反应的成本高昂,尤其是在设计和检测需要多对引物的情况下。
  • 高精度突变检测:Sanger测序虽然可以识别序列中的变异或亚群,但只有在变异存在20%以上时,其识别结果才可靠。相比之下,即使变异存在于1%以下的群体中,采用NGS进行突变检测也是可行的。
  • 复杂结构测序:对于DNA二级结构和高度重复区域如富含GC碱基对的序列和poly-A,特殊病毒序列如AAV ITR区或慢病毒LTR区,以及一些启动子和调控区域,采用NGS测序更加方便。而在Sanger测序中,这些区域将严重阻碍引物延伸。

NGS在整合位点分析(ISA)中的应用

我们经过验证的整合位点分析方法可以用于克隆筛选,遗传稳定性研究及批放行检测。可用于以下样品:单抗或重组蛋白细胞库,病毒载体,细胞治疗产品批次,疫苗,基因治疗产品及细胞培养肉细胞库。

NGS长读长ISA的优势:

  • 方法经验证
  • 单核苷酸精度
  • 比短读长ISA更易于解析串联重复、截断和反向重复序列

我们如何为您提供支持

 


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